مسجد سید اصفهان، یکی از بزرگ‌ترین و تاریخی‌ترین مساجد اصفهان، شاهکاری از معماری قرن سیزدهم هجری قمری (دوره قاجار) است که با تزئینات سنتی و هنری چشم‌نواز، هر بیننده‌ای را به تحسین وا می‌دارد. برخلاف بسیاری از بناهای تاریخی اصفهان که متعلق به دوره صفویه هستند، این مسجد در زمان حکومت محمد شاه قاجار و به همت حاج سید باقر شفتی، از علمای برجسته آن دوران، بنا شده است.
داستان جالبی درباره تامین مالی ساخت این مسجد در کتب تاریخی نقل شده است که به نیکوکاری سید باقر شفتی در زمان قحطی و برکت الهی و آشنایی او با یک تاجر هندی بازمی‌گردد.
مسجد سید با معماری منحصربه‌فرد خود شامل چهار در اصلی، دو شبستان بزرگ، دو گنبد کوچک و بزرگ، چهار چهل‌ستونی، سه ایوان و یک گلدسته بزرگ است. بیش از ۴۵ حجره و دهلیز نیز در این مسجد ساخته شده که ترکیبی زیبا و هماهنگ را ایجاد کرده است.
هنر کاشیکاری به کار رفته در این مسجد، همراه با گره‌کشی، خط بنایی و کاشی‌های هفت رنگ، آن را به یکی از برجسته‌ترین آثار هنری قرن سیزدهم هجری تبدیل کرده است. سردر شمالی مسجد با تزئینات کاشی هفت رنگ، گل و بوته و کتیبه‌هایی با خط ثلث از آیات قرآن، جلوه‌ای خاص دارد. سردر جنوبی نیز با کاشی‌های هفت رنگ و کتیبه‌هایی به خط محمد باقر شیرازی، خوشنویس مشهور دوره قاجار، آراسته شده است.
ایوان جنوبی مسجد که در جلوی شبستان و زیر گنبد قرار دارد و ایوان‌های شرقی و غربی که در جلوی شبستان زمستانی واقع شده‌اند، با ظرافت و هنر استادکاران دوره قاجار تزئین شده‌اند. حجره‌های ساخته شده در ایوان‌ها برای طلاب علوم دینی، زیبایی خاصی به این بخش از مسجد بخشیده است.
مقبره حاج سید باقر شفتی در شمال شرقی مسجد قرار دارد و رواق مقابل آن نیز با کاشیکاری و گچبری‌های چشم‌نواز تزئین شده است.
کتیبه‌های مسجد سید نیز از دیگر هنرهای تزئینی ارزشمند آن به شمار می‌روند که علاوه بر زیبایی، به عنوان اسناد تاریخی درباره زمان ساخت و دوره‌های تاریخی مسجد، اهمیت ویژه‌ای دارند و بر بالای سردرهای مسجد قابل مشاهده هستند. کتیبه سردر شمالی با خط ثلث و آیات قرآن و کتیبه‌های سردر جنوب غربی به خط استاد محمد باقر شیرازی از جمله این آثار ارزشمند هستند.